Bolívar inició su participación en la fase de grupos de la Copa Libertadores 2025 en el año de su centenario, la Academia no tuvo un buen arranque ya que debutó con una derrota en territorio paraguayo. Los celestes no pudieron ante Cerro Porteño, que se tomó revancha ante la academia con un 4-2 en la Nueva Olla de Asunción.
El equipo dirigido por Flavio Robatto se adelantó en el marcador gracias a un golazo de Ramiro Vaca (17’), quien anotó el 0-1 con un remate de tijera para darle la ventaja parcial a los paceños.
Pero el flojo nivel en defensa que mostró Bolívar le terminó pasando factura en el compromiso, ya que un hat-trick de Jonathan Torres (45+3’, 47’ y 61’) y un tanto de Jorge Morel (72’) terminaron con la ilusión del equipo boliviano en territorio paraguayo.